در ابتدای بازی شخصیتی به نام Skull face قصد دارد که از پسری به نام چیکو که گروگان او است محل سازمانی که برای آن کار میکند را پیدا کند. بعد از آنکه Skull face موفق می شود سوار بر هلیکوپتر می شود و به همراه افراد خود برای حمله به سازمان آماده حرکت می شود. شخصیت اصلی ما یعنی رییس بزرگ ملقب به Snake سعی دارد که با نفوذ به پایگاه Skull face در کوبا چیکو و زن دیگری به نام پاز را از چنگ دشمنان نجات دهد. با نجات آنها رییس بزرگ متوجه میشود که بمبی در شکم پاز مخفی شده و به کمک خلبان هلیکوپتر آن را در آورده و از هلیکوپتر به بیرون پرتاب میکنند. Snake به پایگاه خود که میدان نبرد دشمنان و نیرو های خود شده است بازمیگردد و یکی از دوستان خود را نجات میدهد.کمی که از پایگاه خود دور میشوند پاز حالش بهتر میشود و به یاد می آورد که در شکم او یک بمب دیگر هم وجود دارد او خودش را به بیرون پرتاب میکند و همزمان با منفجر شدن بمب در بدن پاز یکی از افراد Skull face موشکی به هلیکوپتر Snake شلیک می کند و باعث سقوط هلیکوپتر و خرد شدن استخوان ها و قطع شدن دست اسنیک میشود. در میان پرده پایانی بازی اشاره ای به بخش دوم این بازی یعنی Metal Gear Solid V The Phantom Pain میشود که در آن اسنیک زنده می ماند و پس از نه سال در بیمارستانی به هوش می آید.