این نسخه از بازی همانند نسخه های قبل فاقد بخش داستانی است و داستان از طریق کات سین های کوتاه دنبال می شود. هزاران سال قبل از وقایع نسخه اول بازی شیناک یکی از خدایان کهن که وظیفه کنترل کردن شش قلمرو موجود در دنیای مورتال کامبت را بر عهده داشت تصمیم به فتح کردن همه آنها گرفت. ریدن خدای رعد و برق در جنگی که صد ها سال به طول انجامید شیناک را شکست می دهد و او را در ندررلم ) قلمرو جهنم( زندانی می کند. حال شیناک با کمک جادوگری به نام کوان چی از ندررلم فرار کرده  و قصد دارد از تمام خدایان کهن انتقام بگیرد. او در ابتدا قلمرو ادینیا را با کمک خائنی به نام تانیا فتح می کند. ریدن نیز برای متوقف کردن شیناک از مبارزان قلمرو زمین که قبلا در مسابقات مورتال کامبت در برابر شائو خان ایستادگی کردند تقاضای کمک می کند. تا به اینجای کار مقدمه بازی گفته شد. در طول بازی پس از تمام کردن برج های بازی با هر شخصیت یک کات سین نمایش داده می شود و داستان بازی که کمی گنگ نیز هست روایت می شود. شخصیت کای پس از قهرمان شدن به یکی از جنگجویان شائولین تبدیل می شود و ریدن به او تبریک می گوید اما کای علاقه ای به جنگجوی شائولین بودن ندارد و به دنبال رسیدن به درجات بالاتر عرفانی است. ریدن عصای خود که دارای قدرت رعد است را به کای می دهد و به او می گوید که این عصا می تواند راه رسیدن به قدرت و جاودانگی را به کای نشان دهد. شخصیت اسکورپیون پس از شکست دادن ساب زیرو در واقع انتقام خانواده و قبیله خود را از ساب زیرو می گیرد اما ساب زیرو قبل از مرگش به اسکورپیون می گوید که شاید قبیله من در کشتن افراد قبیله تو نقشی داشته باشند اما قاتل خانواده تو فرد دیگری است. ناگهان کوان چی سر و کله اش پیدا می شود و به اسکورپیون می گوید که من قاتل خانواده تو هستم. سپس کوان چی سعی می کند اسکورپیون را به ندررلم ببرد اما اسکورپیون دست او را هم می گیرد و هر دو با هم به ندررلم منتقل می شوند. شخصیت تانیا همراه با لیو کنگ که قهرمان نسخه های قبل مورتال کامبت است به محلی می روند که از قضا کوان چی و شیناک در آنجا حضور دارند. لیو کنگ که متوجه می شود تانیا به او خیانت کرده و او را فریب داده سعی می کند با شیناک مبارزه کند اما شیناک او را می کشد. شخصیت ریدن پس از شکست دادن شیناک نزد یکی از خدایان کهن می رود و خبر شکست شیناک را به او می دهد و سپس برادر خود فوجین را به عنوان جانشین خود برای حفتظت از قلمرو زمینی انتخاب می کند. شخصیت جکس پس از درگیری که بین سونیا بلید و جارک که یکی از نوچه های کینو و از اعضای فرقه اژدهای سیاه است بوجود می آید, جارک را از صخره ای به پایین پرت می کند. شخصیت فوجین پس از شکست شیناک نزد یکی از خدایان کهن می رود و خبر شکست شیناک را به او می دهد. ناگهان ریدن در برابر فوجین ظاهر می شود وعنوان محافظ قلمرو زمین را به فوجین می دهد. حال فوجین هم خدای باد و هم محافظ قلمرو زمین است. شخصیت شیناک در صورت شکست دادن ریدن انتقام خود را از او می گیرد و او را می کشد. شخصیت ریکو که ظاهرا از افراد شائو خان است از طریق دروازه ای به قلمرو دنیای بیرونی می رود و بر تخت شائو خان می نشیند و کلاه شائو خان را بر سر خود می گذارد. ظاهرا ریکو قصد دارد راه شائوخان را ادامه دهد. شخصیت ساب زیرو در صورت شکست دادن اسکورپیون او را قانع می کند که فرد دیگری خانواده او را به قتل رسانده. ناگهان کوان چی از پشت سر ساب زیرو ظاهر می شود و به او حمله می کند و از اینکه ساب زیرو توانسته اسکورپیون را شکست دهد خوشحال می شود اما اسکورپیون ناگهان بلند شده و با کمک ساب زیرو کوان چی را می کشند و به این درگیری بین یکدیگر پایان می دهند. شخصیت لیو کنگ در صورت شکست دادن شیناک بار دیگر قهرمان مورتال کامبت می شود و با روح دختری به نام کیتانا که دختر خوانده شائوخان است ملاقات می کند و کیتانا از لیو کنگ به خاطر نجات دادن قلمرو او تشکر می کند. شخصیت جانی کیج بعد از پیروزی در برابر شیناک برنده جایزه اسکار می شود اما استقبال خوبی از او نمی شود. شخصیت کوان چی نیز پس از پیروزی در برابر ریدن نزد شیناک می رود. شیناک برای قدردانی از کوان چی نه تنها کاری نمی کند بلکه زنده بودن کوان چی را مدیون خود می داند. کوان چی که از این رفتار شیناک بسیار عصبانی می شود او را به مبارزه دعوت می کند. شیناک سعی می کند با قدرت هایش کوان چی را بکشد اما قدرت هایش تاثیری بر کوان چی نمی گذارند. کوان چی سنگ طلسمی را همراه خود دارد که در صورت در اختیار داشتن آن هیچ کدام از خدایان کهن نمی توانند او را شکست دهند. کوان چی با استفاده از همین سنگ  طلسم شیناک را می کشد. شخصیت رپتایل پس از پیروزی شیناک در برابر ریدن نزد کوان چی و شیناک می رود و از آنها درخواست می کند که زمان را به عقب برگردانند تا رپتایل بتواند سرزمین مادری اش را از هجوم شائوخان در امان نگه دارد. شیناک از این  درخواست رپتایل عصبانی می شود و او را می کشد. شخصیت جارک با سونیا بلید بر روی صخره ای درگیر می شود و موفق می شود سونیا بلید را از صخره به پایین پرت کند اما شخصیت سونیا بلید در صورت پیروز شدن در برابر جارک می تواند او را به پایین پرتاب کند. به هر حال این نسخه از مجموعه بازی مورتال کامبت فاقد بخش داستانی بوده و این داستان هایی هم که از طریق کات سین ها روایت می شود کمی گنگ و مبهم و گاهی نامرتبط با ادامه داستان نسخه های قبل است.