در سال 1944 گروهی از سربازان آمریکایی برای نجات دانشمندان ژاپنی اعزام می شوند تا این دانشمندان فرمول بمب های اتمی را در اختیار متفقین قرار ندهند. بازی ما را در نقش گروهی به نام گروه بد قرار می دهد. این گروه 4 نفره از گروهان ویژه آمریکایی هستند ( به نام های سارژ و سوییت و مارلو و هگرد ) و در پی یافتن یکی از سربازان آمریکایی که در پایگاه نظامی روس ها اسیر شده هستند. گروه بد متوجه می شوند که سرباز آمریکایی توسط روس ها کشته می شود. شخصیت اصلی ما که مارلو نام دارد به همراه اعضای گروه بد از پایگاه های روس ها فرار کرده و به سمت مقر فرماندهی آمریکایی ها حرکت می کنند. یکی از فرماندهان آمریکایی به این گروه پیشنهاد می کنند که در عوض انجام دادن ماموریت هایی برای او یک مرخصی طولانی به گروه می دهد. گروه نیز با قبول کردن این پیشنهاد راهی اولین ماموریت خود یعنی نشان دادن اطلاعاتی از یک سلاح سری به فردی به نام آگوئر می شوند. گروه بد بعد از جست و جوی فراوان برای پیدا کردن آگوئر او را نجات می دهند و سپس اطلاعات را به او نشان می دهند. آگوئر به آنها می گوید که من می توانم جایی را به آنها نشان بدهم تا اطلاعات دقیق تری را درباره این سلاح های خطرناک بدست آورند. گروه بد این بار راهی جایی که آگوئر به آنها می گوید می شوند. گروه بد با استفاده از جعبه سیاه موشکی که دشمنان به سمت یکی از شهر های آن منطقه پرتاب می کنند اطلاعات بیشتری را بدست می آورند و آن ها را به آگوئر نشان می دهند. آگوئر به آنها می گوید که باید به دنبال فردی به نام کریلنکو در شیلی بروند و او را پیدا کنند. گروه بد به همراه گروهان ویژه آمریکایی به شیلی می روند و پش از نبرد های زیادی با تانک ها و از بین بردن تعداد زیادی از تجهیزات موشکی دشمنان وارد شهری می شوند تا کریلنکو را پیدا کنند. سارژ با اعتراف گرفتن از یکی از سربازان دشمن در عرض پنج ثانیه مکان کریلنکو را پیدا می کند. گروه بد کریلنکو را پیدا می کنند و نقشه های او را از او می گیرند. کریلنکو به آنها می گوید که فرماندهی که شما را اجیر کرده در حال بازی دادن شما است. سپس موشک هایی به پایگاه کریلنکو می خورد و او موفق به فرار می شود. گروه بد متوجه می شوند برای اینکه جلوی کریلنکو و نقشه های او را بگیرند باید به پاناما بروند. گروه بد بعد از مبارزاتی نفس گیر با سربازان دشمن مارلو را برای پیدا کردن اطلاعاتی درباره سلاح سری و خطرناک می فرستند. مارلو متوجه می شود که دانشمندان ژاپنی این سلاح را ساخته اند و از آن در پروژه ای به نام آرورا در جنگ جهانی دوم استفاده کرده اند. مارلو همچنین دفتری را پیدا می کند که نام چند سرباز آمریکایی در بین کشته شدگان پروژه نوشته شده است. گروه بد در راه برگشت از پاناما با حملات دشمنان روبه رو می شوند و هلی کوپتر آنها سقوط می کند و از یکدیگر جدا می شوند. اعضای گروه همدیگر را پیدا می کنند و تصمیم می گیرند که خلبان هلی کوپتر یعنی فلین را نجات دهند. گروه فلین را نجات می دهند و از پایگاه دشمنان فرار می کنند. آنها قراری با آگوئر می گذارند تا او را ببینند. گروه در محل حاضر می شود اما آگوئر و کریلنکو و سربازانشان گروه را محاصره می کنند و سلاح اتمی را از آنها می گیرند. سپس کریلنکو آگوئر را می کشد و سپس دستور تیر باران کردن گروه بد را می دهد که ناگهان فلین با هلی کوپتر جنگی خود به سربازان کریلنکو شلیک می کند تا گروه بد فرار کنند. در همین زمان یک آر پی جی به هلی کوپتر فلین می خورد و فلین کشته می شود. گروه بد بعد از فرار کردن به شهری می رسند که توسط یک هواپیمای مسافربری بمب گذاری شده نابود می شود. بعد از این حادثه گروه بد تصمیم می گیرند که جلوی بمب گذاری های بعدی را با کشتن عوامل این اتفاقات بگیرند. گروه بد وارد شهر ویران شده می شوند. آنها متوجه می شوند که هواپیمای بمب گذاری شده آسیب ندیده و گروه برای فهمیدن دلیل آن وارد هواپیما می شوند. پس از کشتن سربازان در هواپیما گروه بد کریلنکو را می بینند که با استفاده از سلاح اتمی قصد نابودی شهر های آمریکا را دارد. گروه بد سلاح او را نابود می کنند و کریلنکو را می کشند. پس از کشتن کریلنکو گروه بد در تگزاس فرود می آیند. در همین زمان فرمانده آمریکایی که در ابتدای بازی گروه بد را اجیر کرده بود به گروه بد خبر می رساند که ماموریت دیگری پیش روی آنهاست و این ماموریت جنگ با نیرو های روسیه در شهر آلاسکا است. در صحنه پایانی بازی بعد از حرف های فرمانده آمریکایی ماشینی برای بردن گروه بد می آید.