داستان بازی از جایی شروع می شود که شخصیت اصلی بازی که پلیسی به نام مکس پین است بر پشت بام برج ایزر رفته و ماموران پلیس در حال ورود به برج برای دستگیری او هستند. بازی فلش بکی به 3 سال پیش می زند و راوی داستان که خود مکس پین است داستان زندگی خود را تعریف می کند. 3 سال پیش مکس پین از اداره پلیس نیویورک به بیرون می آید تا بتواند در کنار همسرش میشل پین و دختر نوزادش رز پین زندگی آرامی را شروع کند اما در روزی از روز ها عده ای معتاد که تحت تاثیر ماده مخدری به نام والکایر و مسلح بودند به خانه مکس می آیند و همسر و دختر نوزاد او را به قتل می رسانند. پس از این حادثه تلخ مکس تصمیم می گیرد پیش دوست قدیمی خود یعنی الکس برگردد و به عنوان پلیس مخفی مبارزه با مواد مخدر فعالیت کند تا بتواند منشا این مواد مخدر عجیب را پیدا کند. 3 سال بعد و در زمان حال مکس موفق می شود به خانواده ای مافیایی به نام خانواده پانچیلو به سرکردگی جک لوپینو نفوذ کند و اطلاعات زیادی در مورد این خانواده بدست بیاورد. البته تنها کسانی که از هویت مکس خبر داشتند الکس و پلیس دیگری به نام بی. بی بودند. روزی الکس به مکس تلفن می کند و از او می خواهد تا به ایستگاه مترویی بیاید تا اطلاعات جدیدی به مکس بدهد. مکس خود را به الکس می رساند اما قبل از آنکه الکس بتواند اطلاعات را به مکس بدهد توسط افراد لوپینو کشته می شود. مکس خود را به هتل لوپینو می رساند اما با دو نفر به نام برادران فینیتو رو به رو می شود. لوپینو که از هویت مکس خبر دار شده است برادران فینیتو را برای کشتن مکس می فرستد اما مکس هر دوی آنها را می کشد. مکس اسنادی را پیدا می کند که در آن جک لوپینو به یکی از نوچه هایش یعنی وینی گوگنیتی نامه ای نوشته است و در آن به فرد خلافکاری به نام ریکو مورتی اشاره کرده است. مکس هتل را برای پیدا کردن ریکو مورتی جستجو می کند و در نهایت او را در کنار زنی پیدا می کند. مکس هر دوی آنها را می کشد و سپس از هتل بیرون می رود و راهی آپارتمان پایین شهر لوپینو می شود. مکس پین متوجه می شود که بین افراد وینی گوگنیتی و خلافکاران روسی که رئیس شان مردی به نام ولادیمیر لم است درگیری بوجود آمده. مکس پین برای پیدا کردن وینی گوگنیتی آپارتمان لوپینو را جستجو می کند اما در حین جستجو مردی ناشناس به نام آلفرد وودن به مکس تلفن می کند و به او می گوید که پلیس فکر می کند مکس پین قاتل الکس است و در حال حاضر مکس تحت تعقیب پلیس است. در همان موقع رئیس پلیس جیم براوورا از راه می رسد و از مکس پین می خواهد که تسلیم پلیس شود. مکس پین فرار می کند و به جستجوی خود ادامه می دهد. مکس وینی گوگنیتی را پیدا می کند و پس یک درگیری طولانی مکس موفق می شود وینی را شکست بدهد و از او مکان جک لوپینو را بپرسد. وینی به مکس می گوید که لوپینو در کلوپ راگناروگ است و مکس راهی کشتن او می شود. مکس متوجه می شود که لوپینو فردی است که به مراسمات شیطانی و خرافات علاقه بسیاری دارد. مکس لوپینو را که در حال انجام مراسمی شیطانی بود پیدا می کند و او را می کشد اما در همان زمان دختری به نام مونا ساکس که او نیز از افراد سابق پانچیلو بوده است سر و کله اش پیدا می شود. مونا نیز مثل مکس به دنبال رؤسای این خانواده مافیایی است اما از طرفی نمی تواند با مکس همراه شود. مونا مکس را بیهوش می کند و از کلوپ بیرون می رود. مکس در زمان بیهوشی کابوس شب قتل خانواده اش را می بیند و وقتی به هوش می آید متوجه می شود که او در زیرزمین هتل لوپینو و به صندلی بسته شده است. مردی به نام فرانکی که از آدمکش های پانچیلو است با چوب بیس بال مکس را کتک می زند و از زیر زمین بیرون می رود. مکس خود را آزاد می کند و قبل از اینکه به سراغ پانچیلو برود هتل را جستجو می کند تا فرانکی را پیدا کند. مکس فرانکی را می کشد و از هتل بیرون می رود اما چند لحظه بعد ولادیمیر لم سر و کله اش پیدا می شود تا با مکس صحبت کند. ولادیمیر به مکس پیشنهاد همکاری می دهد و از او می خواهد وارد کشتی به نام چارون شود و محموله ای که شامل اسلحه های پیشرفته است را برای ولادیمیر بیاورد. ظاهرا این محموله متعلق به یکی از افراد پانچیلو یعنی بوریس دایم است و ولادیمیر برای شکست دادن پانچیلو به این سلاح ها احتیاج دارد. مکس پیشنهاد ولادیمیر را قبول می کند و پس از کشتن بوریس دایم محموله را به ولادیمیر تحویل می دهد و تعدادی اسلحه نیز برای خود بر می دارد. مکس به دان پانچیلو تلفن می کند و از او می خواهد تا برای انجام معامله ای به رستوران پانچیلو بیاید. مکس وارد رستوران می شود اما اثری از دان پانچیلو نمی بیند. ناگهان رستوران آتش می گیرد و مکس از رستوران خارج می شود و خود را به ولادیمیر می رساند. ولادیمیر مکس را با ماشین به عمارت پانچیلو می برد. مکس پس از جستجوی عمارت و کشتن آدمکش های دان پانچیلو او را پیدا می کند اما قبل از اینکه مکس دان را بکشد آدمکش های دیگری به او شلیک می کنند. این افراد آدمکش های زنی قدرتمند به نام نیکول هورن هستند. افراد نیکول مکس را دستگیر می کنند و نیکول مقدار زیادی از ماده مخدر والکایر را به مکس تزریق می کند و پس از آن به کارخانه اسلحه سازی می رود. مکس دوباره کابوس شب قتل خانواده خود را می بیند و پس از به هوش آمدن راهی کارخانه اسلحه سازی می شود. مکس متوجه می شود که در زیر کارخانه اسلحه سازی مکانی وجود دارد که ارتش آمریکا برای انجام برخی آزمایش ها از آن استفاده می کرده است. مکس وارد زیر زمین کارخانه اسلحه سازی می شود و اسنادی را پیدا می کند که به پروژه ای به نام پروژه والهالا و والکایر اشاره شده. ظاهرا این پروژه هیچ گاه به سرانجام نرسیده است اما نیکول هورن به طور خود مختار پروژه را ادامه داده است و ماده مخدر والکایر را تولید کرده است. مکس همچنین متوجه می شود که 3 سال پیش همسر مکس از این پروژه اطلاعاتی بدست آورده بوده و نیکول برای اینکه این اطلاعات به بیرون درز پیدا نکنند نقشه قتل خانواده مکس را کشیده. بی. بی یا همان پلیسی که از هویت مکس خبر دارد به مکس تلفن می کند و از او می خواهد که به پارکینگی بیاید. مکس به بی. بی شک می کند و پس از ملاقات با او متوجه می شود که بی. بی همان قاتل الکس است. مکس بی. بی را می کشد. آلفرد وودن یا همان مرد ناشناس به مکس تلفن می کند و از او می خواهد تا به دفتر او برود. مکس با آلفرد که فردی تک چشم است ملاقات می کند. آلفرد به مکس می گوید که سازمان او یعنی سازمان اینرسرکل درباره پروژه والهالا تحقیقات بسیاری انجام داده است و متوجه شده است که نیکول هورن مالک شرکت ایزر پشت تمام این ماجراها است. آلفرد از مکس می خواهد که نیکول را بکشد و به اقداماتش پایان دهد. در همان زمان آدمکش های نیکول وارد دفتر آلفرد می شوند و به او شلیک می کنند و مکس ناچار می شود از ساختمان اینرسرکل فرار کند. مکس راهی کشتن نیکول می شود و خود را به برج ایزر می رساند. مکس در برج ایزر بار دیگر مونا ساکس را می بیند. مونا نیز برای کشتن نیکول آمده است اما توسط افراد نیکول تیر می خورد و پنهانی فرار می کند. مکس نیکول را که قصد فرار با هلی کوپتر شخصی خود را دارد پیدا می کند. مکس هلی کوپتر نیکول را نابود می کند و این باعث کشتن نیکول می شود. در میان پرده پایان بازی مکس را می بینیم که توسط پلیس ها دستگیر می شود و آلفرد وودن را می بینیم که از حمله ای که در دفترش به او شد جان سالم به در برده است.