وقایع و داستان این نسخه از بازی دو سال پس از وقایع داستان نسخه قبل اتفاق می افتد. میلیون ها سال قبل شیناک, یکی از خدایان کهن به دیگر خدایان همتای خود خیانت می کند و به قلمرو زمینی حمله می کند. ریدن و خدایان کهن در مقابل شیناک می ایستند و او را در قلمرو ندررلم زندانی می کنند. اما دیگرانی مانند امپراتور دنیای بیرونی یعنی شائوخان نیز بودند که پا جای پای شیناک گذاشتند.شائوخان هم مانند شیناک علاقه زیادی به تصاحب کردن قلمرو زمینی داشت. بنابراین ریدن برای دفاع از قلمرو زمینی به خدایان کهن پیشنهادی می دهد و آن پیشنهاد برگزاری مسابقات مورتال کامبت است تا از این طریق قلمرو زمینی شانسی برای نجات خود داشته باشد. سالیان درازی شائوخان از این قوانین خدایان کهن پیروی کرد و برای شکست دادن ریدن و قلمرو زمینی مرگبار ترین مبارزانش را روانه این مسابقات می کرد. دو سال قبل, قلمرو زمینی موفق به شکست دادن شائوخان می شود اما شائوخان که قصد شکست خوردن را نداشت قوانین خدایان کهن و مسابقات را نقض می کند و به قلمرو زمینی حمله می کند. در حین این حملات بسیاری از مبارزان قلمرو زمینی کشته می شوند اما در نهایت قلمرو زمینی موفق به شکست دادن شائوخان می شود و خدایان کهن برای مجازات شائوخان او را نابود می کنند. مرگ شائوخان فرصتی را برای شیناک ایجاد می کند که بتواند  از ندررلم فرار کند و دوباره جنگ  با قلمروی زمینی را از سر گیرد. بازی ما بیست سال به عقب می برد. دو سال از مرگ شائوخان گذشته است و شیناک موفق به فرار از ندررلم شده است و با ارتش جهنمی اش به قلمرو زمینی یورش برده است. در این میان تعدادی از مبارزان قلمرو زمینی مانند جانی کیج, سونیا بلید و کنشی قصد دارند که برای نجات قلمرو زمینی وارد معبد آسمانی ریدن شوند و به ریدن کمک کنند اما ناگهان اسکورپین و ساب زیرویی که حال به خدمت کوان چی در آمده اند, به این سه مبارز حمله می کنند و جانی کیج موفق به شکست دادن این دو می شود. در معبد آسمانی نیز ریدن و فوجین به تنهایی در حال مبارزه با هیولاهای جهنمی شیناک هستند که ناگهان کوان چی وارد معبد می شود و به همراه او استرایکر, کابال و سیندل که همگی در نسخه قبلی کشته شده بودند, اما این بار به شکل مردگانی زنده شده وارد معبد می شوند و به ریدن و فوجین حمله می کنند. سونیا و جانی کیج به هماره تعدادی از سربازان نیروهای ویژه خود را به ورودی معبد آسمانی می رسانند و در آنجا با شخصیت هایی کشته شده دیگری مانند نایت ولف, اسموک و جکس رو به رو می شوند و آنها را شکست می دهند. ریدن و فوجین سخت مشغول مبارزه کردن با افراد کوان چی هستند که ناگهان شیناک وارد معبد آسمانی می شود و با استفاده از یک نشان طلسم مانند سعی می کند  قدرت های ریدن و فوجین را مهار کند و آنها را در درون این نشان زندانی کند. در همین هنگام سونیا و جانی کیج و کنشی از راه می رسند و جلوی شیناک را می گیرند و سپس با او مبارزه می کنند. در نهایت جانی کیج موفق می شود شیناک را شکست دهد و ریدن با استفاده از نشان, شیناک را در درون این نشان زندانی می کند. فوجین به ریدن پیشنهاد می کند که نشان را نزد خدایان کهن ببرند تا آنها درمورد شیناک تصمیم بگیرند اما ریدن می گوید که هیچ کسی قدرت نابودی این نشان را ندارد حتی خدایان کهن هم قادر به نابودی نشان نیستند. بازی ما را به زمان حال یعنی بیست سال پس از شکست دادن شیناک می برد. جایی که جانی کیج در حال صحبت کردن با یک گروه از مبارزان جوان و تازه کار قلمرو زمینی است. شخصیت های این گروه عبارتند از کساندرا کیج, دختر جانی کیج و سونیا بلید, کونگ جین برادر زاده کونگ لائو, جکی بریگز دختر جکس و تاکاهاشی تاکدا پسر کنشی. جانی کیج به این گروه ماموریتی می دهد که به معبد لین کوئی بروند و از ساب زیرو بخواهند که به نزد جانی کیج برود. ظاهرا جنگی داخلی در دنیای بیرونی در جریان است و جانی کیج به همکاری ساب زیرو نیاز دارد تا پشتیبان قلمرو زمینی باشد. بازی ما را به دنیای بیرونی می برد جایی که امپراتور جدید دنیای بیرونی یعنی کوتال خان سوار بر درشکه است و در حال انجام مذاکره با کینو است. ظاهرا ملینا دختر شائوخان رهبر این شورش های داخلی است و کینو اطلاعاتی درباره مخفیگاه او دارد و کوتال خان قصد دارد که با پرداخت مبلغ هنگفتی این اطلاعات را از کینو بگیرد اما کینو به این راحتی راضی نمی شود. ملینا به همراه رین و تانیا که شاهد عبور درشکه بودند ناگهان دستور حمله به درشکه را می دهد و تارکاتان ها به سمت کوتال خان حمله ور می شوند. کوتال خان که از داخل درشکه شاهد این هرج مرج بود ناگهان متوجه می شود که کینو قصد کشتن او را دارد وهمه این صحبت های پوچ کینو نقشه ی ملینا بوده است. کوتال خان کینو را شکست می دهد و سعی می کند گلوی او را ببرد اما تانیا مانع او می شود. کوتال خان او را هم شکست می دهد. ناگهان کوتال خان متوجه ملینا و رین می شود و به سمت آنها حمله ور می شود. در ابتدا مبارزه ای کوتاه با ملینا می کند و او را از بالای پشت بامی به پایین پرت می کند سپس متوجه حضور رین که فرزند آرگوس است و یک نیمه خدا محسوب می شود شده و با او مبارزه می کند. کوتال خان پس از شکست دادن رین از ارون بلک می خواهد که رین را بکشد اما ملینا مانع او می شود و با کوتال خان مبارزه می کند. کوتال خان ملینا را شکست می دهد و سعی می کند با قدرت آتشش ملینا را بکشد اما ملینا از نشانی که درآن شیناک زندانی شده است استفاده می کند و جلوی کوتال خان را می گیرد اما این باعث می شود دست ملینا بسوزد. رین به کمک ملینا می آید و با هم فرار می کنند. به قلمرو زمینی بازمی گردیم جایی که کساندرا کیج و تیمش در حال نقشه کشیدن برای وارد شدن به معبد لین کوئی هستند اما ظاهرا ساب زیرو از ورود آنها به معبد اطلاع دارد. ساب زیرو به همراه افرادش به عبادتگاه معبد می آیند و گروه ناچار می شود بدون نقشه عمل کند. در همین هنگام ساب زیرو به افرادش دستور حمله به این گروه را می دهد و خود ساب زیرو نیز با تک تک افراد گروه مبارزه می کند و همه را شکست می دهد. پس از شکست خوردن و دستگیری گروه توسط ساب زیرو آنها متوجه می شوند که همگی این مبارزات تمرینی بوده که جانی کیج و ساب زیرو برای آزمودن این گروه طراحی کرده بودند. پس از این اتفاقات از طرف ژنرال سونیا بلید پیغامی به دست جانی کیج می رسد. تعداد زیادی از افراد قلمرو دنیای بیرونی به دلیل بحران جنگ های داخلی از طریق دروازه ای به طور ناگهانی وارد قلمرو زمینی شده اند. جانی کیج و گروه کساندرا کیج خود را به سونیا می رسانند و در آنجا با ریدن و زنی به نام لی می ملاقات می کنند. لی می زنی از قلمرو دنیای بیرونی است که اطلاعاتی درباره ملینا و سلاح جدیدش دارد. او برای ریدن توضیح می دهد که این سلاح در واقع همان نشان شیناک است که حالا به دست ملینا افتاده است. لی می همچنین توضیح می دهد که فردی به نام کینو که اهل قلمرو زمینی است نیز به همراهشان از دروازه ها عبور کرده و احتمالا در بین مردم دنیای بیرونی مخفی شده است. سونیا به کساندرا دستور می دهد که با گروهش به دنیای بیرونی بروند و اوضاع آنجا را بررسی کنند و با کوتال خان صحبتی کنند. سپس سونیا و جانی کیج راهی پیدا کردن کینو می شوند. افراد گروه وارد قلمروی دنیای بیرونی می شوند تا کوتال خان را پیدا کنند. ارون بلک و جمعی از سربازان کوتال خان که در حال گشت زنی بودند با دیدن این گروه آنها را محاصره می کنند و به نزد کوتال خان می برند. در میان راه کونگ جین متوجه می شود که مراسم اعدام عده ای دزد در حال برگزاری است و برای نجات آنها ناچار می شود که با سربازان شائوخان و ارون بلک و غولی به نام فرا تور مبارزه کند. در نهایت مشاور نزدیک کوتال خان یعنی دِوورا, خود را به گروه می رساند و به آنها می گوید که امپراتور شخصا قرار است به آنجا بیاید و با آنها صحبت کند. گروه از کونگ جین در مورد دلیل نجات دزدان از مراسم اعدام سوال می پرسند و کونگ جین خاطره ای از پنج سال پیش را به خاطر می آورد. سالها قبل کونگ جین به طور پنهانی وارد معبد آسمانی می شود و یکی از مجسمه های معبد که در واقع یادگاری از کونگ لائو بوده است را می دزدد. ریدن که متوجه این کار کونگ جین شده بود با کونگ جین مبارزه می کند و از او شکست می خورد. کونگ لائو از این مبارزه شرمسار می شود. ریدن به او می گوید که برای فروکش کردن خشم کونگ جین عمدا از او شکست خورده است و سپس از او می خواهد که به جای سرزنش خود و دیگران مانند دیگر اجدادش و کونگ لائو یک راهب شائولین شود. به دنیای بیرونی بازمی گردیم. کوتال خان خود شخصا برای بررسی مشکل به میدان آمده است و در حال صحبت کردن کساندرا کیج است. کوتال خان که کمی از ملینا ترس و واهمه دارد خیال می کند که مبارزان قلمرو زمینی نیز با ملینا همدست هستند و به همین دلیل حرف های آنها را باور نمی کند. کساندرا همچنین به کوتال خان می گوید که سلاح ملینا احتمالا همان نشان شیناک است و با این حرف کوتال خان بسیار عصبانی می شود زیرا که قلمرو زمینی و ریدن مسئول حفظ و نگهداری از این شئ بودند. کونگ جین متوجه می شود که اوضاع بسیار بد پیش می رود بنابراین تصمیم می گیرد که با کوتال خان دوئلی کند و حق دفاع داشته باشد. کونگ جین در دوئل برنده می شود و کوتال خان ناچار می شود که با گروه کساندرا همکاری کند و به آنها اعتماد کند. کساندرا به سونیا درمورد این اتحادی که با دنیای بیرونی به دست آورده اند گزارش می دهد. سونیا که همچنان به دنبال کینو است متوجه قتلی در اردوگاهش می شود که نشان دهنده این است که این قتل کار کینو است. جانی کیج خود را به سونیا می رساند و مانند همیشه به همه اتفاقات به شکل طنزآلودی نگاه می کند اما متوجه می شود که سونیا علاقه ای به هم صحبت شدن با او ندارد و جانی کیج کمی از او دلخور می شود. بازی فلش بکی به بیست سال پیش و کمی پس از زندانی شدن شیناک می زند. جانی کیج و سونیا مخفیگاه کوان چی را پیدا کرده اند و وارد آن می شوند اما ناگهان کوان چی به همراه جکس و اسکورپین و ساب زیرو به آنها حمله ور می شوند. سونیا ابتدا اسکورپین را شکست می دهد اما ناگهان جکس با چاقویی سینه جانی کیج را می شکافد و کوان چی سعی می کند روح او را مانند دیگر مبارزان تصاحب کند و او را تسخیر کند. سونیا جکس و کوان چی را شکست می دهد. شکست خوردن کوان چی باعث می شود که جکس و اسکورپین و ساب زیرو به حالت طبیعی خود بازگردند. ریدن برای کمک از راه می رسد و جانی کیج را از مرگ نجات می دهد اما باز هم کوان چی موفق می شود که فرار کند. به زمان حال بازمی گردیم. کینو خود را به شکل مقتول خود در آورده است و این باعث می شود که سونیا او را به راحتی شناسایی کند. سونیا با او مبارزه می کند و سعی می کند او را خفه کند اما جانی کیج از راه می رسد و جلوی سونیا را می گیرد. سونیا و جانی کیج از کینو بازجویی می کنند و محل مخفی شدن ملینا و ارتش تارکاتان ها را پیدا می کنند سپس این اطلاعات را در اختیار کساندرا قرار می دهند. کساندرا نیز این اطلاعات را در اختیار کوتال خان قرار می دهد. کوتال خان که بسیار مشتاق نابودی ملینا است ابتدا قصد حمله مستقیم به ملینا را داشت اما دِوورا به کوتال خان پیشنهاد می کند که آنها ابتدا نشان شیناک را بدست بیاورند و سپس حمله کنند. کساندرا نیز تصمیم می گیرد به همراه دِوورا راهی پیدا کردن نشان شیناک شود. بازی فلش بکی به پنج سال قبل می زند جایی که کوتال خان هنوز امپراتور دنیای بیرونی نشده بود و ملینا خود را جانشین شائوخان می دانست و بر دنیای بیرونی حکمرانی می کرد. کوتال خان و رپتایل و دِوورا جلسه ای سه نفره را برگذار کرده اند و درمورد ملینا صحبت می کنند. در میان صحبت های این سه نفر ناگهان ملینا به همراه تعدادی از سربازان تارکاتانش و همچنین ارمک و باراکا, این سه نفر را محاصره می کنند. ملینا که متوجه خیانت این سه نفر شده است از آنها دلیل برگذاری این جلسه را می پرسد. کوتال خان و رپتایل به ملینا گوشزد می کنند که او دختر واقعی شائوخان نیست و امپراتوری قلمرو بیرونی باید به دست کوتال خان بیفتد. ملینا عصبانی می شود و دستور حمله به آنها را می دهد. در این میان ارمک نیز به جمع یاران کوتال خان می پیوندد و به ملینا خیانت می کند. دِوورا نیز با باراکا مبارزه می کند و او را می کشد. حال ملینا که بسیار تنها شده است و تنها حامی وفادارش یعنی باراکا را از دست داده است, از چنگ کوتال خان می گریزد و از آن لحظه به بعد است که کوتال خان به مقام امپراتوری قلمرو دنیای بیرونی می رسد. به زمان حال و مخفیگاه ملینا و ارتشش بازمی گردیم. دِوورا و کساندرا موفق به پیدا کردن نشان شیناک می شوند و پس از مبارزه کردن با رین, تانیا و ملینا, آنها نشان را به همراه شخص ملینا نزد کوتال خان می برند. ملینا که حال بسیار خسته و ناامید است از کوتال خان می خواهد که او را بکشد اما کوتال خان دست خود را به خون ملینا آلوده نمی کند و از دِوورا می خواهد که ملینا را بکشد. پس از مرگ ملینا کساندرا از کوتال خان می خواهد که اجازه خروج آنها از قلمرو دنیای بیرونی را بدهد اما کوتال خان در عوض آنها را زندانی می کند و نشان شیناک را نیز نزد خود نگه می دارد. طولی نمی کشد که این نشان صاحب جدیدی برای خود پیدا می کند و این صاحب کسی نیست جز کوان چی. ظاهرا دِوورا در تمام این مدت برای کوان چی کار می کرده است و از خدمتگزاران شیناک بوده است. او که از طرف کوان چی ماموریت دزدیدن نشان شیناک را برعهده داشته از اعتماد کوتال خان سوء استفاده می کند و نشان را می دزدد. از آن طرف کوان چی و افرادش که همان مبارزان کشته شده و دوباره زندگی یافته هستند, برای بازگرداندن شیناک در حال برنامه ریزی هستند. حال که اوضاع قلمرو ها بسیار نگران کننده شده است سونیا و جانی کیج به کمک جکس نیاز پیدا می کنند و از او می خواهند که جلوی کوان چی و افرادش را بگیرد. از آن طرف تاکاهاشی تاکدا موفق می شود خود و بقیه اعضای گروه خود را با استفاده از قدرت تلپاتی خود, از چنگال سربازان کوتال خان نجات دهد. بازی فلش بکی به پنج سال قبل می زند جایی که تاکاهاشی تاکدا مدتی را به شاگردی هانزو هاساشی یا همان اسکورپین می گذرانده است. هانزو و تاکاهاشی پس از یک تمرین در ویرانه های شهری با هم درمورد آینده تاکاهاشی صحبت می کنند. هانزو به تاکاهاشی می گوید که سرنوشت او این نیست که به قبیله شیرای رایو خدمت کند. در حین این گفتگو پدر تاکاهاشی یعنی کنشی نیز از راه می رسد. ظاهرا کنشی به مدت ده سال تاکاهاشی را به دست هانزو سپرده بوده است و به همین دلیل تاکاهاشی که بسیار از دست او عصبانی بوده است, با او به مبارزه می پردازد و او را شکست می دهد. هانزو تاکاهاشی را از ادامه مبارزه باز می دارد و به او می گوید که در این ده سال کنشی به دنبال انقام گرفتن از قاتلین مادر تاکاهشی بوده است و برای محافظت از جان فرزندش او را به دست هانزو سپرده است. سپس کنشی با استفاده از قدرت تلپاتی خود سعی می کند از طریق ذهن خود با تاکاهاشی ارتباط برقرار کند و به او می گوید که حالا هر دو می توانند قاتلین مادر تاکاهاشی را به سزای اعمالشان برسانند. به زمان حال بازمی گردیم. گروه کساندرا با همکاری یکدیگر موفق می شوند مبارزان قلمرو بیرونی را شکست دهند و از چنگ آنها بگریزند. خیانت دوورا و فرار کردن گروه کساندرا موجب خشم کوتال خان می شود و دستور حمله به معبد ریدن را می دهد. گروه کساندرا با کنشی و جکس تماس می گیرند و به آنها گزارشی از وضعیت پیش رو می دهند. کنشی و جکس که در حال حاضر در قلمرو ندررلم هستند, خود را برای مبارزه ای با کوان چی و افرادش آماده می کنند. کوان چی و سایر جنگجویانش از راه می رسند و بسیاری از سربازان قلمرو زمینی را به راحتی می کشند و کنشی را نیز زخمی می کنند. جکس خود به تنهای با عده ای از جنگجویان کوان چی مبارزه می کند و موفق می شود خود کوان چی را نیز شکست دهد و او را دستگیر کند. کنشی و جکس کوان چی را به قلمرو زمینی می آورند تا از او بازجویی کنند. هانزو که از دستگیری کوان چی مطلع شده است به همراه افراد قبیله اش به سراغ کوان چی می آیند تا او را بکشند. سونیا و جانی کیج و کنشی مانع او می شوند اما هانزو آنها را شکست می دهد. بازی فلش بکی به پنج سال قبل و در معبد لین کوئی می زند. ساب زیرو اسکورپین را به معبدش دعوت کرده است تا درباره موضوعی با او صحبت کند. ساب زیرو برای اسکورپین توضیح می دهد که در طی چند سال گذشته سکتور که قصد سایبری کردن قبیله لین کوئی داشته است را کشته است و خاطرات او را بررسی کرده است. در بخشی از خاطرات سکتور این گونه آمده است که کوان چی مسئول نابودی قبیله شیرای رایو است و قبیله ساب زیرو کاملا بی گناه است. اسکورپین که حالا از واقعیت ماجرا خبردار شده است بابت کشتن برادر ساب زیرو از او عذرخواهی می کند و تصمیم می گیرد انتقام قبیله خود را از کوان چی بگیرد. بازی به زمان حال برمی گردد. هانزو هاساشی تنها چند قدم تا کشتن کوان چی فاصله دارد که ناگهان دوورا از راه می رسد و نشان شیناک را به دست کوان چی می دهد. هانزو اما سعی می کند مانع این کار شود و سر کوان چی را از تنش جدا می کند اما کوان چی قبل از کشته شدنش به سرعت وردی را می خواند و شیناک دوباره آزاد می شود. شیناک با استفاده از قدرت نشانش مبارزان اطرافش را شکست می دهد و جانی کیج را دستگیر می کند. سپس به همراه جنگجویان کوان چی و دوورا راهی معبد آسمانی ریدن می شوند. گروه کساندرا خود را به سونیا می رسانند و متوجه می شوند که کار از کار گذشته است و هر چه زودتر باید جلوی شیناک را بگیرند. در معبد آسمانی ظاهرا ریدن مهمانی دارد. یکی از اساتید قدیمی به نام بورای چو خبر بازگشت شیناک را شنیده است و برای دفاع از قلمرو زمینی و معبد ریدن خود را به ریدن رسانده است. ریدن تصمیم دارد که انرژی خود را دوباره بازیابد و برای اینکار به درون تالابی از انرژی می رود و خاطراتی از لیوکنگ و کونگ لائو را به یاد می آورد. در حین انجام این عمل بازیابی انرژی, ناگهان شیناک و افرادش بورای چو را پیدا می کنند و او را کمی شکنجه می دهند تا توجه ریدن را جلب کنند. شیناک به جنگجویانش دستور می دهد که مانع ریدن شوند و خود به همراه دوورا و جانی کیج وارد معبد می شوند. ریدن پس از مبارزه ای سخت جنگجویان شیناک را شکست می دهد  خسته و زخمی خود را به شیناک می رساند. شیناک با استفاده از قدرت هایش ریدن را به بند می کشد و خود وارد تالاب انرژی می شود. با ورود شیناک به درون تالاب رنگ آن از آبی به قرمز تغییر پیدا می کند و آسمان قلمرو زمینی به رنگ قرمز در می آید. شیناک نیز با جذب انرژی معبد تغییر شکل پیدا می کند و تبدیل به هیولایی بزرگ می شود. از آن طرف گروه کساندرا که راهی معبد آسمانی شده بودند در نزدیکی معبد با سربازان و جنگجویان کوتال خان که برای پس گرفتن نشان شیناک آمده اند, مواجه می شوند. گروه به لطف کمک های جکی بریگز موفق می شود جنگجویان کوتال خان را شکست دهد و در نهایت با کمک ساب زیرو, گروه موفق می شود زودتر خود را به معبد آسمانی برسانند. جنگجویان شیناک در حال عملی کردن نقشه های شیناک هستند و قصد دارند پس از تصاحب قلمرو زمینی به دیگر خدایان کهن نیز حمله کنند و آنها را نیز نابود کنند. چهار جنگجوی گروه سعی می کنند با جنگجویان شیناک مبارزه کنند اما در نهایت پس از کمی مبارزه کردن زخمی می شوند. جکی بریگز و تاکاهاشی سعی می کنند جنگجویان شیناک را معطل کنند تا کساندرا و کونگ جین بتواند وارد معبد شوند و با شیناک مبارزه کنند. در بدو ورود به معبد, با دوورا روبه رو می شوند و کونگ جین زخمی می شود. کساندرا دوورا را شکست می دهد و سپس با شیناک غول پیکر مبارزه می کند و او را شکست می دهد. پس از شکست خوردن شیناک ریدن از کساندرا و کونگ جین می خواهد که او را وارد تالاب انرژی کنند تا انرژی خود را جایگزین آن کند. ریدن انرژی خود را جایگزین می کند اما در عوض انرژی شیناک وارد بدن ریدن می شود. پس از این اتفاقات سونیا و سربازانش خود را به معبد ریدن می رسانند تا جانی کیج و اعضای زخمی گروه کساندرا را نجات دهند. اما در میان پرده پایانی بازی شاهد این هستیم که ریدن با ظاهری جدید در حال صحبت کردن با دو نفر است. ظاهرا انرژی شیناک تاثیر خود را بر ریدن گذاشته است و حال ریدن دیگر مانند گذشته صحبت نمی کند و روحیه ای خشن تر پیدا کرده است. این دو نفر کیتانا و لیو کنگ, حاکمان جدید قلمرو ندررلم هستند. ریدن سر شیناک را از تنش جدا کرده است و به عنوان تهدید و درس عبرتی آن را برای این دو نفر آورده است و به آنها گوشزد می کند که مانند شیناک فکر حمله به قلمرو زمینی را در سر نپرورانند.