داستان این نسخه از بازی ادامه داستان نسخه قبل یعنی مورتال کامبت آرماگدون است. در پایان مورتال کامبت آرماگدون شائوخان که امپراتور قلمرو دنیای بیرونی است موفق می شود که قلمرو ادینیا را تصاحب کند و تمام مبارزان قلمرو زمین و ادینیا را بکشد. شائوخان موفق می شود قدرت شخصیت بلیز را بدست بیاورد و تبدیل به یک خدای کهن شود. حال شائوخان قصد دارد کار را یکسره کند و ریدن را برای همیشه نابود کند. ریدن که بسیار زخمی و ناتوان شده است و دیگر راه نجاتی برای خود و قلمرو زمین نمی بیند تصمیم می گیرد پیغامی برای گذشته خود بفرستد و او را از اتفاقات آینده با خبر کند. این پیغام در واقع شامل تصاویری از آینده قلمرو زمین و مسابقات مورتال کامبت و جمله او باید برنده شود بود. این پیغام زمانی به ریدن زمان گذشته می رسد که مسابقات آغاز شده و مبارزان قلمرو ها در جزیره جادوگری به نام شنگ سونگ حاضر شده اند. شنگ سونگ از مبارزی از قلمرو زمین به نام جانی کیج می خواهد که به عنوان اولین مبارز با رپتایل و باراکا مبارزه کند. جانی کیج دو مبارزه را برنده می شود. جانی کیج که در واقع یک بازیگر است خیال می کند که تمام این مسابقات و مبارزات غیر واقعی هستند اما ریدن و لیو کنگ برای او توضیح می دهند که این مسابقات در واقع برای حفاظت از قلمرو زمین در برابر شائوخان ترتیب داده شده اند. شائوخان تاکنون نه مسابقه از ده مسابقه را برنده شده است و اگر قلمرو زمین بار دیگر شکست بخورد شائوخان قلمرو زمین را تصاحب می کند. جانی کیج که از دختر مبارز دیگری به نام سونیا بلید خوشش آمده است او را تعقیب می کند. سونیا که متوجه جانی کیج می شود با او مبارزه می کند اما در نهایت جانی کیج برنده می شود. ناگهان مردی به نام کینو که رییس فرقه اژدهای سیاه است سر و کله اش پیدا می شود و جانی کیج را از روی پلی که بر روی آن قرار داشت به پایین هل می دهد اما به پایین سقوط نمی کند. کینو یکی از دشمنان بزرگ سونیا بلید است که سونیا برای تعقیب او و نجات رییس خود یعنی جکسون بریگز آمده بود اما در عوض سر از جزیره شنگ سونگ و مسابقات مورتال کامبت در می آورد. جانی کیج که متوجه می شود کینو قصد آسیب رساندن به سونیا را دارد خود را به روی پل می رساند و با کینو مبارزه می کند و او را شکست می دهد. سونیا از جانی کیج تشکر می کند و راهی نجات جکس می شود. سونیا جکس را پیدا می کند اما در همان لحظه شنگ سونگ پیدایش می شود و از سونیا می خواهد که با ساب زیرو مبارزه کند. سونیا برنده می شود و شنگ سونگ  را به مبارزه می طلبد اما ناگهان ریدن سر می رسد و مانع مبارزه بین این دو می شود. سونیا با کمک ریدن جکس را از زندان شنگ سونگ نجات می دهد و هر دو تصمیم به فرار از جزیره می گیرند. دو دختر به نام کیتانا و جید که از خدمتکاران شائوخان هستند با سونیا  درگیر می شوند و سونیا آنها را شکست می دهد. سونیا پیغامی به ارتش آمریکا می فرستد و از آنها درخواست یک هلی کوپتر می کند اما شنگ سونگ مانع فرود هلی کوپتر در جزیره می شود و از کینو می خواهد که با سونیا مبارزه کند. سونیا برنده این مبارزه می شود. ریدن و جانی کیج و  لیو کنگ خود را به سونیا و جکس می رسانند و ریدن زخم های جکس را مداوا می کند. سپس ریدن همه مبارزان را دورهم جمع می کند و درباره پیغام آینده خود به آنها خبر می دهد و از آنها می خواهد تا در کنارش برای سرنوشت قلمرو زمین بجنگند. پس از این اتفاقات نوبت به مبارزی از قلمرو جهنمی ندررلم به نام اسکورپیون می رسد. این مبارز که برای جادوگری به نام کوان چی مبارزه می کند تنها برای انتقام گرفتن از ساب زیرو پا به این مسابقات گذاشته است. ریدن متوجه می شود که به جز لیو کنگ مبارز دیگری به نام کونگ لائو نیز از قلمرو زمین وارد مسابقات شده است و قصد مبارزه با اسکورپیون را دارد. ریدن سعی می کند کونگ لائو را از مبارزه کردن منصرف کند اما کونگ لائو مبارزه می کند و شکست می خورد. اسکورپیون پس از شکست دادن کونگ لائو از شنگ سونگ  می خواهد که ساب زیرو را به میدان مسابقه بیاورد اما در عوض شنگ سونگ سرخپوستی به نام نایت ولف را به مبارزه با اسکورپیون دعوت می کند. نایت ولف اسکورپیون را نصیحت می کند و از او می خواهد که فکر انتقام گرفتن را از سرش بیرون کند. اسکورپیون نایت ولف را شکست می دهد و برای بار دیگر از شنگ سونگ می خواهد که ساب زیرو را به مسابقه بیاورد و باز هم شنگ سونگ از این کار سر باز می زند. پس از این مبارزات ریدن از اسکورپیون می خواهد که به حرف های نایت ولف گوش کند و ساب زیرو را نکشد و در عوض ریدن قول می دهد که اگر ساب زیرو کشته نشود با خدایان کهن در مورد قبیله شیرای رایو صحبت کند. اسکورپیون وارد معبد شنگ سونگ می شود و متوجه دو نفر از شاگردان ساب زیرو به نام های سکتور و سایرکس می شود. سکتور و سایرکس درباره یکی از پروژه های استاد خود که در واقع پروژه ساختن یک ارتش سایبری است صحبت می کنند. وقتی اسکورپیون وارد معبد می شود سکتور و سایرکس به او حمله می کنند و شکست می خورند. ناگهان ساب زیرو نیز وارد معبد می شود و اسکورپیون او را به مبارزه می طلبد. هر دو مبارز به ندررلم می روند تا با هم مبارزه کنند و در نهایت ساب زیرو شکست می خورد. اسکورپیون در ابتدا از کشتن ساب زیرو صرف نظر می کند اما کوان چی از راه می رسد و خاطره کشته شدن خانواده و قبیله اسکورپیون را برای او بازگو می کند و او را برای کشتن ساب زیرو تشویق می کند. اسکورپیون که بسیار خشمگین شده است ساب زیرو را می کشد و جمجمه او را که به ستون فقراتش متصل است را به معبد کوان چی می برد. ریدن به خاطر اینکه نتوانسته جلوی مرگ ساب زیرو را بگیرد ناراحت می شود. او همچنین متوجه می شود که ساب زیرو بر روی پروژه ی تبدیل کردن قبیله لین کوئی به ارتش سایبری کار می کرده است و به سایرکس در مورد عواقب شوم این پروژه می گوید. سایرکس که حالا برای شنگ سونگ کار می کند به حرف های ریدن گوش نمی دهد و راهی کشتن جانی کیج می شود. در میان راه باراکا و زنی چهار دست به نام شیوا که  از مبارزان شنگ سونگ هستند به سایرکس می گویند که شنگ سونگ  دیگر به تو نیازی ندارد. سایرکس با شیوا و باراکا مبارزه می کند و برنده می شود. سایرکس خود را به سکتور می رساند تا درباره خیانت شنگ سونگ به هر دوی آنها بگوید اما متوجه می شود که سکتور در حال صحبت با شنگ سونگ است. شنگ سونگ دلیل این کار خود را همکاری سایرکس با ریدن می داند و سپس جانی کیج را به مبارزه با سایرکس دعوت می کند. سایرکس برنده می شود و شنگ سونگ از او می خواهد تا جانی کیج را بکشد. سایرکس جانی کیج را  نمی کشد و سکتور از این کار سایرکس عصبانی می شود و با او مبارزه می کند. سکتور شکست می خورد و سایرکس او را به حال خود رها می کند. شنگ سونگ در معبد خود از مبارزی جدید به نام ارمک که توسط شائوخان خلق شده رونمایی می کند و سپس از لیو کنگ می خواهد که با او مبارزه کند. لیو کنگ برنده مبارزه می شود. کیتانا که از مهارت های لیو کنگ در مبارزه شگفت زده شده به شنگ سونگ قول می دهد که به لیو کنگ آسیب بزند و نگذارد به مبارزه آخر راه پیدا کند. لیو کنگ و ریدن درباره آینده صحبت می کنند. ریدن به خاطر می آید که در آخرین حرف های آینده اش قبل از مرگش به جمله او باید برنده شود اشاره کرده است و این فرد به احتمال ریدن همان لیو کنگ است. پس از این گفتگو ریدن می رود اما کیتانا نزد لیوکنگ می آید و با او مبارزه می کند و شکست می خورد. کیتانا از لیوکنگ  می خواهد تا او را بکشد اما لیوکنگ دلیلی برای کشتن کیتانا نمی بیند و می گوید شاید بهتر باشد دفعه بعد در شرایط دیگری همدیگر را ببینیم. لیوکنگ و ریدن و کونگ لائو به محل مسابقه بعدی می روند. حال لیو کنگ باید با اسکورپیون و کوان چی مبارزه کند. لیو آنها را شکست می دهد و شنگ سونگ او را به محل مبارزه بعدی از شریق دروازه ای منتقل می کند. لیو کنگ با هیولایی چهاردست و غول پیکری به نام گورو رو به رو می شود. گورو که از دیدن یک جنگجوی قلمرو زمینی بسیار تعجب کرده است با لیو مبارزه می کند و لیو موفق می شود او را شکست دهد و از طریق دروازه ای که شنگ سونگ باز می کند به معبد شنگ سونگ برمی گردد. حال آخرین مبارزه مورتال کامبت بین شنگ سونگ و لیو کنگ صورت می گیرد و لیو کنگ  موفق می شود با شکست دادن شنگ سونگ قلمرو زمین را از هجوم شائوخان نجات دهد. شنگ سونگ و مبارزانش به قلمرو دنیای بیرونی برمی گردند. شائوخان که از باخت خود در برابر قلمرو زمین عصبانی است و از طرفی نمی تواند قوانین را زیر پا بگذارد و با زور قلمرو زمین را پس بگیرد, دستور می دهد تا شنگ سونگ را بکشند اما شنگ سونگ پیشنهاد تغییر دادن قوانین را می دهد و از شائو خان می خواهد مسابقه ای جدای از مورتال کامبت ترتیب دهد. شائوخان از این پیشنهاد استقبال می کند و از کشتن شنگ سونگ منصرف می شود و او را دوباره جوان می کند. در معبد شائولین ریدن و دیگر مبارزان قلمرو زمین و راهبان شائولین مشغول انجام مراسم تقدیر از لیو کنگ هستند اما ریدن متوجه می شود که هنوز نتوانسته است آینده را تغییر دهد و منظور از او باید برنده شود ممکن است لیو کنگ نبوده باشد. ناگهان شنگ سونگ جوان نزد ریدن می آید و از ریدن می خواهد تا در مسابقه ای که شائوخان ترتیب دیده شرکت کند و اگر قلمرو زمین پیروز شد شائوخان فکر تصاحب آن را از سرش بیرون می کند اما اگر زمین در مسابقه شرکت نکند شائوخان به زمین هجوم می آورد. ریدن اهمیتی به حرفهای شنگ سونگ نمی دهد و شنگ سونگ دروازه ای باز می کند تا موجوداتی به نام تارکاتان ها که از نژاد باراکا هستند بتوانند وارد معبد شائولین شوند. جکس سعی می کند جلوی تارکاتان ها را بگیرد اما موفق نمی شود و  بیهوش می شود. صبح روز بعد وقتی جکس به هوش می آید متوجه می شود که شنگ  سونگ سونیا را به قلمرو دنیای بیرونی برده است. ریدن به یاد می آورد که در پیغام های آینده اش لیو کنگ موفق می شود شائوخان را در مبارزه ای که خودش ترتیب دیده بکشد. ریدن پیشنهاد شائوخان را قبول می کند و با مبارزان قلمرو زمین به دنیای بیرونی می روند تا در مسابقات شرکت کنند. کونگ لائو و لیو کنگ راهی نجات دادن استادان شائولین خود می شوند و جانی کیج و ریدن و جکس به نزد شائوخان می روند. جکس که متوجه می شود سونیا در چنگ شائوخان است به عنوان اولین مبارز ناچار می شود با باراکا مبارزه کند و برنده می شود. پس از این مبارزه رپتایل به شنگ سونگ چیزی می گوید و شنگ سونگ از شائوخان اجازه می گیرد تا به اموری به پردازد. ریدن متوجه می شود که جان سونیا در خطر است و همراه با جکس و جان کیج راهی نجات او می شوند. در این میان بین جانی کیج و جکس دعوایی کوچک پیش می آید که ریدن آنها را از هم جدا می کند. ناگهان دختری به نام جید که از خدمتکاران و دوستان کیتانا است ریدن را می بیند و سعی می کند جلوی او و مبارزانش را بگیرد اما جکس او را شکست می دهد. جکس سونیا را در کنار شیوا پیدا می کند و پس از شکست دادن شیوا سونیا را آزاد می کند. سونیا متوجه دو سیگنال می شود و ریدن به او می گوید که این سیگنال ها منشا زمینی دارند و این یعنی افراد دیگری هم از اهل زمین هستند که به این قلمرو آمده باشند. آنها راهی پیدا کردن منشا این سیگنال ها می شوند. این سیگنال ها در واقع از طرف دو مبارز به نام های کوای لیانگ و اسموک هستند. کوای لیانگ که حال ساب زیروی جدید محسوب می شود به دنبال جسد برادر خود و ساب زیروی سابق یعنی بی هان می گردد. اسموک و ساب زیرو از هم جدا می شوند تا بتوانند مکان های بیشتری را جستجو کنند. شائوخان که متوجه حضور این دو نفر در قلمرو خود شده است کیتانا را برای متوقف کردن آنها می فرستد اما اسموک موفق می شود که کیتانا را شکست دهد. اسموک به جنگلی می رسد که در آن شنگ سونگ و کینو در حال شلیک کردن آر پی جی هایی هستند که کینو با خود به قلمرو بیرونی آورده است. اسموک با کینو مبارزه می کند و از شنگ سونگ می خواهد که درباره مرگ ساب زیرو به او بگوید اما شنگ سونگ به همراه رپتایل با او مبارزه می کنند. اسموک آنها را شکست می دهد اما شنگ سونگ و رپتایل خود را به جایی دیگر تلپورت می کنند. اسموک با رباتی رو به رو می شود که در واقع این ربات همان سکتور است که تحت پروژه ساب زیروی سابق تبدیل به سایبورگ شده است. اسموک سکتور را شکست می دهد اما ربات های سکتور او را محاصره می کنند تا او را نیز تبدیل به سایبورگ کنند. در همان لحظه ریدن و جانی کیج به کمک اسموک می آیند و او را نجات می دهند. اسموک به آنها می گوید که اگر سکتور به دنبال من  آمده پس حتما به دنبال ساب زیرو نیز می رود. ریدن و اسموک و جان کیج راهی پیدا کردن ساب زیرو می شوند. ساب زیرو نیز با سایرکس که او نیز تبدیل به سایبورگ شده است رو به رو می شود و او را شکست می دهد. سونیا و جکس منشا سیگنال را پیدا می کنند و متوجه می شوند که این سیگنال مربوط به ساب زیرو است. ساب زیرو به آنها توضیح می دهد که آن ساب زیرویی که کشته شد در واقع برادر او بوده است و سونیا  هم به ساب زیرو می گوید که قاتل او فردی به نام اسکورپیون است. ناگهان ارمک سر و کله اش پیدا می شود و دو دست جکس را از جا می کند و با ساب زیرو مبارزه می کند. ساب زیرو ارمک را شکست می دهد. سونیا موفق می شود جلوی خونریزی دست های جکس را بگیرد اما ساب زیرو سونیا و جکس را رها می کند تا خود را به اسکورپیون برساند. ساب زیرو خود را به میدان مسابقات قلمروی دنیای بیرونی می رساند و از شائوخان می خواهد تا اسکورپیون را به میدان مسابقه بیاورد. در ابتدا شنگ سونگ رپتایل را روانه میدان می کند اما او شکست می خورد. ساب زیرو دوباره درخواستش را تکرار می کند و این بار شائوخان موافقت می کند و کوان چی اسکورپیون را از ندررلم به میدان مسابقه می آورد. اسکورپیون از دیدن یک ساب زیروی دیگر جا می خورد و با ساب زیرو مبارزه می کند اما شکست می خورد. ساب زیرو قصد کشتن اسکورپیون را دارد اما توسط ربات های سکتور و سایرکس محاصره می شود. شائوخان از این کار سکتور و سایرکس عصبانی می شود و دلیل این کار آنها را می خواهد. سکتور و سایرکس به او می گویند که قصد دارند ساب زیرو را به سایبورگ تبدیل کنند تا مجازات شود و در عوض سکتور و سایرکس برای همیشه به شائوخان وفادار خواهند ماند. شائوخان نیز موافقت می کند. اسموک سعی می کند ساب زیرو را نجات دهد اما ریدن مانع او می شود و کسی جان ساب زیرو را نجات نمی دهد. شائوخان که متوجه اسموک شده است کیتانا را به خاطر عدم عمل به دستوراتش سرزنش می کند و از او می خواهد که از میدان مسابقه بیرون برود. کیتانا و جید با هم درباره این اتفاق صحبت می کنند و کیتانا از جید می خواهد که او را برای مدتی تنها بگذارد. ریدن و اسموک و جانی کیج  خود را به کیتانا می رسانند تا با او صحبت کنند اما اسموک که دلخوشی از کیتانا ندارد با او و جانی کیج مبارزه می کند و شکست می خورد. ریدن متوجه می شود که مادر کیتانا یعنی سیندل در آینده قرار است زنده شود. ریدن با کیتانا درباره مادرش صحبت می کند و از او می خواهد تا به آزمایشگاه شنگ سونگ  برود تا خود بتواند به حقیقتی دست پیدا کند. کیتانا به ریدن اعتماد می کند و راهی آزمایشگاه می شود اما جید که در تمام این مدت در حال تعقیب او بوده است سعی می کند کیتانا را متوقف کند اما کیتانا او را شکست می دهد. کیتانا وارد آزمایشگاه می شود و متوجه دختری مانند خود می شود که از نژاد تارکاتان ها است. این دختر که نامش ملینا است ناگهان کیتانا را خواهر خود خطاب کرده و با او مبارزه می کند. کیتانا او را شکست می دهد اما در همان لحظه شنگ سونگ  وارد آزمایشگاه می شود. کیتانا که فکر می کند شنگ سونگ در حال انجام دادن کارهایی خلاف دستورات شائوخان است با او مبارزه می کند و او را شکست می دهد و او را نزد شائوخان می برد. کیتانا به شائوخان نوضیح می دهد که شنگ سونگ در حال ساختن هیولاهایی در آزمایشگاهش هست و از شائوخان می خواهد که او را مجازات کند. اما در عوض شائوخان شنگ سونگ را تشویق می کند و از او می خواهد تا ملینا را نزد او بیاورد. کیتانا که از این رفتار پدرش شوکه شده است از او دلیل این کارش را می خواهد و شائوخان به کیتانا می گوید که کیتانا در اصل دختر یکی از پادشاهان ادینیا است که شائوخان در یکی از حمله هایش او را کشته است و ملکه ادینیا یعنی سیندل و کیتانا را با خود به قلمرو خود آورده است. شائوخان به تارکاتان ها دستور می دهد تا کیتانا را در برجی زندانی کنند. جید به دنبال کیتانا می رود. ابتدا باراکا و شیوا سعی می کنند جلوی جید را بگیرند اما شکست می خورند. جید تلاش می کند کیتانا را نجات دهد اما کیتانا از او می خواهد که از ریدن کمک بگیرد. جید فرار می کند اما در میان راه با ملینا مبارزه کرده و او را شکست می دهد. ریدن و دیگر مبارزان خود را به جید می رسانند و جید از آنها می خواهد که برای آزادی کیتانا کاری بکنند. ریدن مخالفت می کند اما لیوکنگ و کونگ لائو که اصرار بر نجات کیتانا دارند راهی نجات او می شوند. لیو کنگ و کونگ لائو خود را به برج می رسانند اما اثری از کیتانا نمی بینند و در عوض مجبور می شوند با شیوا و گورو و مبارز دیگری به نام نوب سایبات مبارزه کنند. نوب سایبات در واقع همان ساب زیروی سابق است که پس از مرگش توسط کوان چی تبدیل به موجودی سیاه رنگ می شود. کونگ لائو و لیو کنگ خود را به میدان مسابقات می رسانند و در آنجا کیتانا را می بینند. ریدن با دیدن لیو کنگ  به او می گوید که حتما باید در این مسابقه شرکت کند و برنده شود تا زمین نجات پیدا کند اما لیو که فقط برای نجات کیتانا آمده است قبول نمی کند و می گوید شاید منظور از او باید برنده شود شخصی غیر از لیو کنگ باشد. ریدن ناچارا کونگ لائو را روانه میدان می کند. کونگ لائو در ابتدا با شنگ سونگ و کوتن چی مبارزه می کند و پیروز می شود اما پس از این مبارزه مبارز چهار دست دیگری به نام کینتارو به میدان می آید و مبارزه می کند و در نهایت هم شکست می خورد. جمعیت کونگ لائو را به خاطر پیروزی اش در این مسابقه تشویق می کنند و کونگ لائو نیز در حال شادی کردن است که ناگهان شائوخان به پشت سر کونگ لائو می رود و گردن او را می شکند و او را می کشد. ریدن که بسیار عصبانی شده است سعی می کند شائوخان را بکشد اما لیو کنگ زود تر با شائوخان درگیر می شود و پس از مبارزه ای نفسگیر موفق می شود شائوخان را بکشد و زمین را برای همیشه از خطر شائوخان محفوظ بدارد. ریدن این بار به این نتیجه می رسد که منظور از جمله او باید برنده شود خود لیوکنگ بوده است اما باید در برابر شائوخان برنده می شد که این اتفاق هم افتاد اما ریدن باز هم متوجه می شود که هنوز آینده تغییری نکرده است. در قصر شائوخان شنگ سونگ و دیگر افراد شائوخان برای انتخاب جانشینی شائوخان در حال تصمیم گیری هستند که ناگهان همگی متوجه می شوند که شائوخان هنوز نمرده است و با کمک کوان چی توانسته است زخم هایش را درمان کند. شائوخان باز هم به خاطر شکست خود در برابر قلمرو زمین عصبانی است اما کوان چی پیشنهاد جدیدی می دهد. کوان چی به شائوخان می گوید که این بار باید خود به زمین حمله کند اما شائوخان می گوید که سیندل قبل از مرگش جادویی را از خود بر جای گذاشته که اجازه نمی دهد شائوخان وارد قلمرو زمین بشود. کوان چی به شائوخان می گوید که این بار می تواند سیندل را زنده کند و از سیندل کمک بخواهد. شائوخان با این پیشنهاد موافقت می کند و سپس کوان چی سیندل را زنده می کند و از او می خواهد تا به امپراتور خود برای حمله به زمین کمک کند. سیندل نیز قبول می کند و شائوخان به سرعت حمله خود را شروع می کند. بر روی قلمرو زمین دو پلیس به نام های کابال و استرایکر در حال مبارزه با هیولاهای نابودگر شائوخان هستند. ابتدا استرایکر و کابال بر روی پشت بامی با رپتال مبارزه می کنند و پیروز می شوند و سپس به خیابان می روند و در آنجا استرایکر با ملینا مبارزه می کند. ریدن که متوجه مبارزه استرایکر با ملینا شده است به استرایکر کمک م یکند و سپس به کمک جانی کیج که با هیولایی چهار پا به نام موتارو درگیر شده می رود. کابال و استرایکر با کینتارو رو به رو می شوند اما کینتارو به سمت کابال آتش پرت می کند و او را می سوزاند. استرایکر پس از شکست دادن کینتارو سعی می کند به کابال کمک کند اما ارمک از راه می رسد و استرایکر را به داخل ایستگاه مترو پرتاب می کند. استرایکر با ارمک مبارزه می کند و او را شکست می دهد. نایت ولف خود را به استرایکر می رساند و به او می گوید ریدن از تمام مبارزان زمین خواسته است خود را به او برسانند و استرایکر نیز باید به آنها بپیوندد. استرایکر و نایت ولف در میان راه خود را به محلی که کابال کشته شده بود می رسانند اما اثری از او نمی بینند. استرایکر حدس می زند که شخصی جنازه کابال را دزدیده است. این فرد دزد کسی نیست جز کینو. کینو که جان کابال را که کاملا سوخته است نجات داده او را با لباس و تجهیزات بهتری تجهیز کرده است. کابال وقتی به هوش می آید کینو را بالای سر خود می بیند و کینو به او توضیح می دهد که اگر ماسک روی صورتش را بر دارد دیگر نمی تواند نفس بکشد و می میرد. کابال که دلخوشی به کینو و این بذل و بخشش را ندارد با او مبارزه می کند و پس از شکست دادن او از او می خواهد تا راه خروج را به او نشان بدهد. کینو به کابال توضیح می دهد که او در حال حاضر در قلمرو دنیای بیرونی است و هیچ کس بدون اجازه شائوخان نمی تواند از این قلمرو بیرون برود. کینو و کابال هر دو به قصر شائوخان می روند. ملینا جسد موتارو که توسط ریدن کشته شده است را به نزد شائوخان می برد. شائوخان بسیار عصبانی می شود اما سیندل از او می خواهد که اجازه دهد او انتقام موتارو را بگیرد. شائوخان هم قدرت شنگ سونگ را به طور کامل از او می گیرد و به سیندل می دهد. کابال سعی می کند به شائوخان حمله کند اما ملینا و نوب سایبات جلوی او را می گیرند. کابال هر دو را شکست می دهد و از طریق دروازه ای که کوان چی اشتباها باز کرده بود فرار می کند اما در عوض با کوای لیانگ که حال تبدیل به سایبر ساب زیرو شده است و شیوا رو به رو می شود و با آنها مبارزه می کند. ریدن و اسموک خود را به کابال می رسانند و با دیدن سایبر ساب زیرو او و کابال را به محلی که تمام مبارزان در آن حضور دارند می برند. سایبر ساب زیرو با دیدن دوباره دوستانش به آنها می گوید که شائوخان قصد دارد قلمرو خود را به زمین متصل کند. استرایکر پیشنهاد می دهد تا سایبر ساب زیرو به عنوان جاسوس وارد قصر شائوخان شود تا بتواند اطلاعات بیشتری بدست آورد. سایبر ساب زیرو وارد قصر می شود اما سکتور متوجه می شود که سایبر ساب زیرو مانند قبل دستور ها را اجرا نمی کند و او را به ایستگاه مترو می برد و با او مبارزه می کند. سایبر ساب زیرو پس از شکست دادن سکتور او را اسکن می کند و متوجه می شود که کوان چی در قبرستانی قصد انجام دادن مراسمی را دارد. سایبرساب زیرو به قصر شائوخان بر می گردد و عده ای سرباز را که اسیر کینو و گورو و کینتارو و ارمک شده بودند را نجات می دهد. سایبر ساب زیرو خود را به قبرستان می رساند و متوجه کوان چی و نوب سایبات می شود. سایبر ساب زیرو به ریدن خبر این اقدام کوان چی را می رساند و ریدن متوجه می شود که کوان چی قصد دارد با استفاده از ارواح مردم زمین ارتشی از مردگان برای خود درست کند. نایت ولف راهی قبرستان می شود. سایبر ساب زیرو نیز سعی می کند جلوی کوان چی را بگیرد اما با نوب سایبات روبه رو می شود. نوب سایبات به او می گوید که او همان بی هان برادر کوای لیانگ است اما در حال حاضر به ندررلم و کوان چی خدمت می کند. سایبر ساب زیرو با نوب سایبات مبارزه می کند و او را شکست می دهد. در همان لحظه نایت ولف به قبرستان می رسد و از سایبر ساب زیرو می خواهد که از قبرستان به بیرون برود. نایت ولف با کوان چی و نوب سایبات مبارزه می کند و موفق می شود با پرتاب کردن نوب سایبات به درون گردباد جادویی کوان چی جلوی کوان چی را بگیرد. نایت ولف نزد ریدن می رود و ریدن متوجه می شود که باز هم نتوانسته است آینده را تغییر دهد. ریدن و لیو کنگ تصمیم می گیرند از خدایان کهن کمک بگیرند. پس از رفتن ریدن ربات های سکتور و سایرکس به مبارزان حمله می کنند اما مبارزان موفق می شوند همه را شکست دهند. ناگهان سیندل به مبارزان حمله می کند و اکثریت آنها را می کشد. در نهایت کیتانا و نایت ولف با او مبارزه ای نفس گیر می کنند. از آن طرف ریدن که برای کمک گرفتن از خدایان کهن همراه با لیوکنگ به معبدی رفته است جواب منفی از طرف آنها دریافت می کند. خدایان کهن تنها زمانی می توانند به شائوخان آسیب برسانند که شائوخان بتواند دو قلمرو را به هم متصل کند. ریدن نیز دست خالی به زمین باز می گردد. ریدن و لیو کنگ  متوجه می شوند که سیندل مبارزان را کشته است و نایت ولف و سیندل هنوز در حال مبارزه هستند. ناگهان نایت ولف تمام قدرت های خود را متمرکز کرده و خود و سیندل را نابود می کند. ریدن که به شدت نا امید شده است تصمیم می گیرد از قلمرو ندررلم کمک بگیرد. لیو کنگ بسیار عصبانی می شود و از ریدن قطع امید می کند و متوجه می شود جانی کیج و سونیا هنوز زنده هستند و به آنها کمک می کند. ریدن به ندررلم می رود و با اسکورپیون رو به رو می شود. اسکورپیون اجازه ملاقات با کوان چی را به او نمی دهد اما ریدن پس از شکست دادن او با کوان چی رو به رو می شود. ریدن به کوان چی پیشنهاد می دهد که اگر ندررلم به کمک زمین بیاید روح خود و تمام مبارزان زمین را به او تقدیم خواهد کرد اما کوان چی که از قبل این کار را انجام داده بود پیشنهاد ریدن را نمی پذیرد و به ریدن می گوید که چیزی به ورود شائوخان به زمین نمانده است. ریدن می گوید که این غیرممکن است و تنها راه متصل کردن دو قلمرو به یکدیگر پیروزی در مورتال کامبت است. ناگهان فکری به ذهن ریدن خطور می کند  وبه این نتیجه می رسد که جمله او باید برنده شود در واقع به پیروزی شائوخان اشاره دارد. اگر شائوخان پیروز بشود می تواند دو قلمرو را به هم متصل کند و خدایان کهن نیز می توانند او را مجازات کنند. ریدن به زمین برمیگردد و به لیو کنگ می گوید که باید به شائوخان اجازه بدهیم تا برنده شود. لیو کنگ که دیگر اعتمادی به ریدن ندارد با او مبارزه می کند و ریدن ناخواسته او را می کشد. شائوخان وارد زمین می شود و در همان ابتدای کار سعی می کند مانند ابتدای بازی ریدن را بکشد که ناگهان خدایان کهن به کمک ریدن می آیند و ریدن پس از شکست دادن ریدن شائوخان را به خدایان کهن می سپارد و آنها هم شائوخان را نابود می کنند. پس از پیروزی ریدن او متوجه می شود که بالاخره توانسته است آینده را تغییر دهد. در میان پرده پایانی بازی می بینیم که کوان چی در حال صحبت کردن با ارباب خود یعنی شیناک است. شیناک که خود پیش بینی مرگ شائوخان را کرده بود به کوان چی می گوید که با مرگ شائوخان راه تصاحب قلمرو دنیای بیرونی و زمین هموار شده است و به زودی او برای تصاحب قلمرو ها می آید.