داستان این بازی بر اساس اولین فیلم و اولین کتاب از مجموعه هری پاتر است. در ابتدای بازی خلاصه ای از زندگی هری پاتر قبل از ورود وی به مدرسه جادوگری هاگوارتز را به صورت یک روایت می شنویم. در شبی آرام فردی غول پیکر به نام هاگرید با موتورسیکلت بزرگی بچه ای را جلوی در خانه شماره چهار خیابان پرایوت درایو که محل زندگی خانواده دورسلی است می گذارد. این بچه همان هری پاتر است, پسری که زنده ماند. هری یازده سال با خانواده دورسلی که در واقع خانواده خاله هری پاتر است زندگی می کند تا اینکه روزی نامه ای از طرف مدرسه جادوگری هاگوارتز به دست هری می رسد و از او دعوت می شود که به آنجا برود. هری به همراه هاگرید به خیابان دایگون می روند تا لوازم مورد نیاز مدرسه هری را بخرند. هاگرید و هری همچنین به بانک گرینگوتز می روند تا بسته ای را از گاو صندوق شماره 713 بر دارند و آن را به هاگوارتز ببرند. پس از مدتی هری با قطار سریع السیر هاگوارتز خود را به مدرسه می رساند. مدیر مدرسه یعنی آلبوس دامبلدور به دانش آموزان اخطار می دهد که در این ترم دانش آموزان به انتهای راهرویی که در طبقه سوم مدرسه واقع شده است نباید نزدیک شوند. سپس کلاه گروه بندی برای سال اولی ها آورده می شود و بر روی سر هری قرار می گیرد. در ابتدا کلاه قصد داشت هری را در گروه اسلایترین بیندازد اما در لحظه آخر کلاه گروه گریفیندور را برای هری انتخاب می کند. هری در مدرسه دوستانی مثل هرمیون گرینجر, رون ویزلی و برادرانش فرد و جورج ویزلی و دشمنانی مثل دراکو مالفوی و دو نوچه اش کراب و گویل که همه در گروه اسلایترین هستند پیدا می کند. اولین کلاس سال اولی ها کلاس دفاع در برابر جادوی سیاه با تدریس معلمی به نام پروفسور کوییرل که کمی لکنت زبان هم دارد است. هری پس از اتمام کلاس و آزمونی که پروفسور از او می گیرد همراه با رون و هرمیون به اتاقی در برج گریفیندور می روند تا با هم صحبت کنند. در همان روزها به بانک گرینگوتز نیز ظاهرا دستبرد زده شده و در مدرسه صحبت های زیادی درمورد سرقت از بانک می شود. کلاس بعدی هری کلاس پرواز با جارو است که هری تمام آزمون های آن را به خوبی به اتمام می رساند و معلم پروازش خانم هوچ هری را به خاطر مهارت و استعدادش در پرواز با جارو تحسین می کند. قبل از شروع کلاس شناوری هرمیون به هری وردی را یاد می دهد که با آن هری قابلیت باز کردن قفل در ها را پیدا می کند. سپس هری به کلاس شناوری می رود که معلم آن پیرمردی بسیار قد کوتاه به نام پروفسور فلیت ویک است. پس از اتمام این کلاس هری راهی رفتن به کلاس بعدی که کلاس گیاه شناسی است می شود اما در بین راه شبحی به اسم بد عنق و دراکو مالفوی مانع رفتن هری به کلاس می شوند اما هری از پس آنها بر آمده و وارد محوطه بیرونی هاگوارتز می شود. هری هاگرید را می بیند که مشغول هرس کردن درختان محوطه است و هاگرید از هری می خواهد که پس از تمام شدن کلاس هایش به کلبه او بیاید. هری وارد کلاس گیاه شناسی که معلم آن زنی به نام پروفسور اسپراوت است می شود و پس از اتمام کلاس هری متوجه می شود که مالفوی وسیله ای به نام گوی فراموشی یکی از هم گروهی های هری به نام نویل لانگ باتم را از او گرفته است. مالفوی سوار بر جاروی پرنده خود می شود تا فرار کند و هری نیز با جاروی خود مالفوی را تعقیب می کند. در نهایت هری گوی فراموشی را از مالفوی پس می گیرد و به نویل لانگ باتم می دهد. ناگهان نایب رییس مدرسه , پروفسور مک گوناگال که شاهد این اتفاق بود مهارت هری را در پرواز با جارو تحسین می کند و هری را به عنوان جستجوگر جدید بازی کوییدیچ در تیم کوییدیچ گریفیندور قرار می دهد و در واقع جوانترین جستجوگر کوییدیچ در طول تاریخ مدرسه نیز می شود. پروفسور به هری می گوید که بعد از ظهر امروز اولین مسابقه آنها در برابر تیم اسلایترین است. هری به کلبه هاگرید می رود و متوجه می شود که هاگرید تخم اژدهایی را در کلبه خود دارد. هاگرید از هری می خواهد که دانه هایی آتشین که از درختانی به خصوص بدست می آید برای او جمع آوری کند. هری دانه ها را به هاگرید داده و هاگرید آنها را در شومینه و در کنار تخم اژدها قرار می دهد. سپس اژدهایی کوچک از تخم بیرون می آید و هاگرید او را نوربرت می نامد. هری راهی رفتن به مسابقه می شود اما قبل از آن هاگرید فلوتی به هری می دهد و می گوید برای آرام کردن برخی موجودات می توان از این فلوت استفاده کرد. گروه گریفیندور اولین مسابقه کوییدیچ را برنده می شود. سپس هری راهی رفتن به دومین کلاس دفاع در برابر جادوی سیاه می شود اما قبل از آن رون و هرمیون متوجه می شوند که یکی از معلم های هاگوارتز یعنی پروفسور اسنیپ وارد همان مکان ممنوعه در انتهای راهروی طبقه سوم می شود و با پای زخمی از آن بیرون می آید. هری پس از اتمام این کلاس راهی کلاس بعدی یعنی کلاس معجون سازی که اتفاقا همان پروفسور اسنیپ معلم آن است می شود. اسنیپ هم که چندان از هری خوشش نمی آید به جای تدریس کردن هری را به دنبال ترکیباتی برای ساختن یک معجون می فرستد. پس از تمام شدن این کلاس هری و رون متوجه می شوند غولی وارد مدرسه شده و قصد آسیب رساندن به هرمیون را دارد. رون و هری از پس غول بر می آیند و هرمیون را نجات می دهند. هری به حوادث اخیر هاگوارتز مشکوک می شود و حدس می زند فردی غول را وارد مدرسه کرده تا بتواند وارد آن مکان ممنوعه مدرسه شود. پس از این اتفاقات دومین مسابقه کوییدیچ بین دو تیم گریفیندور و ریونکلاو برگزار می شود که باز هم تیم گریفیندور برنده می شود. پس از مسابقه هری و دوستانش متوجه می شوند که هاگرید نیاز به کمک دارد و نمی تواند نوربرت را پیش خود نگه دارد. هری برای کمک به هاگرید ناچار می شود شبانه با استفاده از شنلی نامرئی کننده نوربرت را به بلندترین برج مدرسه ببرد و آن را به برادر بزرگتر رون یعنی چارلی ویزلی تحویل دهد. هری در همان شب وارد اتاقی می شود که در آن آینه ای بزرگ قرار داشت. این آینه بزرگ که آینده نفاق انگیز نام دارد پدر و مادر هری را در کنار او نشان می دهد. ناگهان دامبلدور به همان اتاق می آید و به هری می گوید که این آینه تنها خواسته های قلبی مردم را به آنها نشان می دهد و نه چیز دیگری. روز بعد هری و دوستانش متوجه می شوند که بسته ای که هاگرید از بانک گرینگوتز به هاگوارتز آورده در واقع سنگی به نام سنگ قدرت و جادو است که می تواند به صاحبش زندگی جاودانه بدهد. آنها همچنین متوجه می شوند که دامبلدور برای جلسه ای از مدرسه بیرون رفته و این بهترین فرصت برای دزدیدن سنگ قدرت توسط اسنیپ است. هری و رون و هرمیون وارد مکان ممنوعه می شوند و با سگی سه سر و غول پیکر روبه رو می شوند. هری با استفاده از فلوتی که هاگرید به او داده بود سگ را آرام می کند و سگ به خواب می رود. هری پس از گذشتن از موانع زیاد و آسیب دیدن رون خود به تنهایی موفق می شود تمام مسیر را به سلامت طی کند اما در کمال تعجب متوجه می شود که فردی که قصد دزدیدن سنگ  قدرت را داشته اسنیپ نبوده بلکه پروفسور کوییرل بوده. پروفسور کوییرل که حالا بدون لکنت زبان حرف می زند هری را به اتاقی می برد که آینه نفاق انگیز در ان قرار دارد و از هری می خواهد که از سریق این آینه سنگ  قدرت را به او بدهد. هری از انجام این کار سر باز می زند. ناگهان فردی با کوییرل صحبت می کند و از کوییرل می خواهد که دستار روی سرش را بر دارد. کوییرل دستار را بر می دارد و هری متوجه می شود که کوییرل در واقع دو سر دارد و سر دوم متعلق به جادوگری است به نام ولدمورت. ولدمورت در واقع بزرگترین دشمن هری پاتر و قاتل پدر و مادرش نیز هست اما بعد از مرگ پدر و مادر هری ضعیف شده و بدن خود را از دست داده و حالا از طریق پروفسور کوییرل و سنگ قدرت قصد دارد خود را جاودانه کند. هری با ولدمورت مبارزه می کند و او را شکست می دهد و بیهوش می شود. پس از این اتفاقات هری در درمانگاه مدرسه یه هوش می آید و دامبلدور را می بیند. دامبلدور به هری می گوید که سنگ  قدرت نابود شده تا دست ولدمورت به سنگ  نرسد اما این کار باعث نابود شدن ولدمورت نشده و امکان بازگشت او هنوز وجود دارد. هری به سالن مدرسه می رود تا در مراسم اختتامیه و جام گروه های مدرسه شرکت کند. ظاهرا گروه اسلایترین برنده جام گروه ها شده است اما با اضافه کردن چند امتیاز توسط دامبلدور به گروه گریفیندور, این گروه برنده جام گروه ها می شود. هری و دوستان گریفیندوری اش نیز بسیار خوشحال می شوند. در میان پرده پایانی بازی فرد و جورج ویزلی را می بینیم که در حال اذیت کردن اسنیپ هستند.