در سال 943 جنگی بین افراد مردی غول پیکر به نام هنریچ و انسان ها صورت می گیرد. انسانها شکست می خورند اما جادوگری با هنریچ مبارزه می کند. جادوگر شکست میخورد اما قبل از اینکه هنریچ او را بکشد وردی میخواند و روی زمین نمادی را حک می کند و کاری می کند که هنریچ در اعماق زمین زندانی شود. سپس هزار سال بعد در سال 1943 نازی های آلمانی نماد زندانی بودن هنریچ را پیدا می کنند تا از این قدرت به نفع خود استفاده کنند. در اولین میان پرده بازی ما شاهد گفتگوی جمعی از روسای آمریکایی هستیم که درباره قلعه ای به نام ولفنشتاین صحبت می کنند. این افراد برای سازمانی که در حوزه شناسایی پدیده های ماوراطبیعه ای که نازی های آلمانی آنها را بوجود می آورند یا کشف می کنند فعالیت می کند کار می کنند. در واقع این سازمان پس از شناسایی این گونه پدیده ها عوامل بوجود آورنده این پدیده ها را نیز از بین می برد. ظاهرا این سازمان دو جاسوس را برای جاسوسی به قلعه ولفنشتاین می فرستند اما خبری از آنها نمی شود تا اینکه متوجه می شوند هر دو جاسوس زندانی نازی ها شده اند. روسای آمریکایی که به مهارت های جاسوسان خود اعتماد دارند صبر می کنند تا جاسوسان خودشان را از مخمصه نجات دهند. شخصیت اصلی بازی فردی به نام ویلیام بی جی بلازکو ویکز است که در نسخه قبلی ولفنشتاین اسیر نازی ها می شود و در این بازی یکی از همین دو جاسوس شخص بی جی بلازکو ویکز است. بلازکو ویکز با هر سختی که شده سعی می کند که از قلعه ولفنشتاین فرار کند و موفق هم می شود. در بیرون از قلعه او با جاسوس دیگری به نام کسلر ملاقات می کند. کسلر و بلازکو ویکز وارد خانه ای که ظاهرا مخفیگاه کسلر هست می شوند کسلر به بلازکو ویکز می گوید که باید سراغ فردی به نام کارل ویلگموت که از اعضای فرقه ای به نام دایره کریسا هست برود تا از او مهمات بگیرد. کارل مهمات و سلاح های جدیدی به بلازکو ویکز می دهد و بلازکو ویکز راهی ترور ژنرالی آلمانی به نام هلگا ون بولو می‌شود. بلازکو ویکز از راه تونلی که نازی ها برای ورود به کلیسایی باستانی حفر کرده بودند وارد می شود و متوجه می شود به جز نازی ها موجودات دیگری هم در زیر زمین وجود دارند و آماده حمله به انسان ها هستند. بلازکو ویکز با موجودات عجیبی رو به رو می شود و مبارزه می کند. در نهایت بلازکو ویکز هلگا را همراه دانشمندی پیدا می کند که در حال کار کردن بر روی موجودی غیر انسان است. بلازکو ویکز محافظان هلگا را می کشد و هلگا و دانشمند از کلیسا بیرون می روند. دانشمند به هلگا هشدار می دهد که از قدرت چنین موجودی استفاده نکند اما هلگا توجهی نمی کند و دانشمند را می کشد اما هیولایی که در بیرون از کلیسا بود هلگا را می کشد. بلازکو ویکز در بیرون از کلیسا تمامی موجودات و هیولا ها را می کشد و سپس با هواپیما به همراه کسلر از محدوده قلعه ولفنشتاین دور می شوند. سازمان طی جلسه ای با حضور روسای آمریکایی تصمیم می گیرد که برای پی بردن به نقشه های نازی ها بلازکو ویکز را به تنهایی به پایگاه های موشکی نازی ها بفرستد. بلازکو ویکز به تنهایی و با کمترین سلاح ها داخل کامیون حامل بار آلمانی ها می شود و وارد پایگاه موشکی نازی ها می شود. بلازکو ویکز با نابود کردن موشک های پایگاه کل پایگاه را به هم می ریزد سپس بلازکو ویکز با کمک یکی از هواپیما های نازی ها فرار می کند. سازمان هنوز هم از نقشه های نازی ها سر در نیاورده پس تصمیم می گیرد که این بار با سر و صدای بیشتری وارد شهری به نام کوگل استادت بشود تا بتواند اطلاعات بیشتری جمع آوری کند. بلازکو ویکز همراه با چند نفر از اعضای دایره کریسا وارد این شهر می شوند. بلازکو ویکز کتابی درباره سلاح هایی که نازی ها می سازند بدست می آورد و همچنان به جستجو در پایگاهی که نازی ها در نزدیکی شهر ساخته اند ادامه می دهد. بلازکو ویکز به جایی می رسد که پایگاه زیردریایی های نازی است و با موجودات ربات شکلی رو به رو می شود. بلازکو ویکز پس از کشتن همه دشمنان خود از یکی از افسران آلمانی بازجویی می کند و متوجه می شود نازی ها در پایگاهی در نروژ در حال ساخت ربات ها و سلاح هایی هستند که به ماشین کشتار معروف اند. سازمان بلازکو ویکز را به نروژ می فرستد تا وارد پایگاه تولید ماشین های کشتار نازی ها شود. بلازکو ویکز اطلاعاتی را جمع آوری می کند و پس از کشتن موجودات رباتیک نازی ها با یکی از افسران بالا رده نازی رو به رو می شود. این افسر که دث هد نام دارد رباتی غول پیکر را راه اندازی می کند تا بلازکو ویکز را بکشد و خود دث هد از نروژ با کمک هواپیما فرار می کند. بلازکو ویکز هم با کشتن ربات از پایگاه خارج می شود. سازمان این بار متوجه نقشه ای شیطانی می شود که نازی ها قصد انجام آن را دارند. نازی ها می‌خواهند طی یک مراسمی هنریچ را احضار کنند و از قدرت او استفاده کنند. سازمان دوباره بلازکو ویکز را به قلعه ولفنشتاین می فرستد تا جلوی وقوع این اتفاق را بگیرد. بلازکو ویکز از سدی می گذرد تا وارد روستایی به نام پادربوردن شود  و تمام ژنرال های نازی در این روستا را می کشد. سپس راه خود را ادامه می دهد تا به محل زندانی شدن هنریچ برسد بلازکو ویکز متوجه می شود که مراسم احضار صورت گرفته و هنریچ از زندان آزاد شده. بلازکو ویکز با هر سختی که شده هنریچ را برای همیشه نابود می کند. در میان پرده پایانی بازی بلازکو ویکز را می بینیم که هنوز در حال کشتن نازی ها است.